Es ist denkbar, dass der für eine romanische Kirche ungewöhnlich hohe Turm erst beim Neubau der Kirche aufgehöht und mit zeitgenössischer, gotischer Dekoration versehen wurde. Für diese Annahme sprechen die aus Ziegel gemauerten Bogenfriese und die zugespitzten Schallarkaden des Glockengeschosses. Die das Südportal schützende, recht graziöse Eingangshalle, die ursprünglich noch ein Beinhaus barg, dürfte aus der Bauzeit stammen. In die Schultern zwischen Langhaus und Chor wurden später zweigeschossige Anbauten gefügt, nördlich ein Oratorium, südlich die Sakristei. Diesen Anbauten fiel die erste Fensterachse des Chores zum Opfer, wodurch dieser von außen stark verkürzt erscheint. Die Weihe der neuen Kirche durch den Freisinger Weihbischof Ulrich ist für den 9. August 1489 urkundlich verbürgt.

Die Verlängerung des Langhauses vom Turm um ein fünftes Joch nach Westen wurde 1936/37 nach Plänen von Michael Kurz ausgeführt. So tritt uns St. Quirin heute als wenig gestörter, etwas behäbiger Bau der Spätgotik entgegen, wie er für die zahlreichen Landkirchen der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts zwischen Würm und Amper charakteristisch ist. Die ursprüngliche Größe dieses Kirchenbaus erschließt sich allerdings erst, wenn man ihn in Beziehung setzt zu den einfachen, im 15. Jahrhundert nur erdgeschosshohen Wohnhäusern des Dorfes.

Man betritt St. Quirin am besten durch das Westportal. Verhalten wir unter der Empore, öffnet sich ein weiter, heller Raum, dessen gotische Strenge die fast gänzlich barocke Ausstattung umso g1anzvol1er hervortreten lässt. Die Raumwirkung des Langhauses wird bestimmt durch die klare Struktur von gelbem Netzrippenwerk und Wandpfeilern auf weißem Mauerwerk. Das war nicht immer so. Zwischen 1580 und 1594 wurde die Kirche zu einer regelrechten Biblia Pauperum ausgemalt. Reste dieser Malereien sind noch an einem Fenster der Südwand zu sehen. Sie stellen, von unten nach oben, die bekannten Kirchenlehrer Gregor und Hieronymus, die nicht näher bekannte Stifterfamilie und eine Verkündigungsszene dar. Die Fensterlaibungen waren ebenfalls reich bemalt.

An die ursprünglich gotische Ausstattung von St. Quirin erinnern noch der heute in der nordwestlichen Nische unter der Empore durch ein qualitätsvolles, modernes schmiedeeisernes Gitter des örtlichen Schmiedemeisters Jakob Mayr geschützte Altarschrein der Hl. Ursula und ihrer Gefährtinnen von 1499 und der Taufstein aus Rotmarmor im Presbyterium. Wohl bei der Wiederherstellung nach den Verwüstungen des 30jährigen Krieges (1618-48) kam der frühbarocke Hochaltar mit der Darstellung des Kirchenpatrons, des Hl. Quirin, in die Kirche. Der Meister des Kunstwerkes ist nicht bekannt. Er hat den römischen Kaisersohn und Martyrer im prunkvollen Brustharnisch mit Krone, Zepter und Reichsapfel dargestellt, assistiert von zwei Engelsbuben. Das Gemälde im Hintergrund zeigt die Dreifaltigkeit. Auf Seitenkonsolen des reich vergoldeten Altaraufbaues finden wir die Hl. Margarete und Sylvester. Letzterer amtiert in Altbaiern als Patron der Bauern, Margarete ist als Heilige der Möser bekannt – Aubing lag ja, bis die großen Entwässerungsprojekte des 19. Jahrhunderts griffen, am Südrand des Dachauer Mooses.